生物有機肥的發酵是制作生物有機肥料的關鍵步驟，發酵方式也有不同，如發酵罐發酵，條堆發酵，發酵池發酵，每種發酵方式都有不同的優缺點，不過最常見的還是發酵池發酵。

在縱向和橫向行走機的配合下下，槽式翻拋機高速運轉的主軸拋起并拋撒發酵物料，產生一定的位移，使物料在池中有規律地等距離向后移動，每天將發酵物料從發酵池的末端運走，用新的發酵物料補充發酵池前端空出的空間(一天的處理能力)，形成連續發酵過程。例如，原料是雞糞+秸稈粉。首先，將雞糞與適量的秸稈粉混合，混合的量取決于雞糞的含水量。一般來說，發酵需要45%的水分，也就是說，手捏成一個球，水在手指間能看見，但它不滴水。然后加入玉米粉和菌種，玉米粉的作用是增加菌種發酵的含糖量，使生物菌劑迅速占據絕對優勢。然后，將準備好的混合物加入攪拌機中攪拌。攪拌必須均勻徹底，不得有結塊。將攪拌好的配料堆成1.5m-2m寬、0.8m-1m高的條狀，每隔兩天用翻拋機翻拋一次。堆積后，加熱2天，無味4天，松散7天，芳香9天，脂肪10天。具體來說，堆肥第二天的溫度可達到60℃-80℃，殺滅大腸桿菌和蟲卵等病蟲害；雞糞的氣味在第四天被消除；第7天，堆肥變得疏松干燥，布滿白色菌絲；第九天，它發出一種清酒的味道；第10天，菌肥發酵成熟，稍干后用半濕式物料粉碎機粉碎，然后用篩分機篩分，即可包裝儲存。

生物有機肥發酵設備的維護：定期清理粘黏在主機上的有機肥原料，防止影響設備正常潤轉，定期添加潤滑油，清理軌道。長期使用后磨損的翻拋齒視情況換新。定期檢查電源線磨損情況，防止發生漏電隱患。